表面上看起来，宇智波止水是跳崖自尽的，但其实宇智波止水在跳崖之前，早已身中剧毒，即使宇智波止水不跳崖，也会命不久矣。而宇智波止水之所以选择跳崖，而且还是当着宇智波鼬的面跳崖，其实只有一个目的，那就是让宇智波鼬感受到失去挚友的痛楚，开启万花筒写轮眼。
在漫画中的原剧情中，宇智波止水是单独会见了三代目火影猿飞日斩，然后打算用最强瞳术别天神让宇智波一族陷入幻术当中，从而制止事态的恶化。然后团藏在半路截杀宇智波止水，宇智波止水猝不及防被团藏夺取了右眼，然后独自逃走。
而在火影忍者游戏剧情中，宇智波止水是同时会见了木叶高层四人：三代目火影猿飞日斩、志村团藏、还有转寝小春和水户门炎两位顾问。四人当时都同意了宇智波止水对宇智波一族使用幻术别天神的提议，三代目火影猿飞日斩更是让宇智波止水放手去做。
可是，志村团藏一开就没打算和宇智波一族妥协，志村团藏认为，只要宇智波一族存在于木叶，那么就算这一次将宇智波一族的叛乱压下，总有一天木叶村里还是会发生同样的事，宇智波一族叛乱只是时间长短的问题。
志村团藏是那种不会把木叶村安危寄托在某一个人手中的人，志村团藏会用安全、稳妥、斩草除根不留后患的方法，来确保木叶村的稳定，所以，志村团藏在宇智波止水将要对宇智波一族施展别天神前一刻，出动了“根”成员，对宇智波止水展开了围杀。
宇智波止水是宇智波一族的天才忍者，团藏根本不是已经开启了万花筒写轮眼，并能够使用须佐能乎的宇智波止水的对手。而团藏对这一点也知道的非常清楚，所以，团藏除了带着“根”与宇智波止水真面交手之外，背地里还给宇智波止水放毒烟。
宇智波止水正是因为吸入了过量的毒烟，这才不但被团藏夺去了一只眼睛，甚至就算被鼬从团藏手中救下后，也难逃一死。宇智波止水在将左眼交给宇智波鼬时，对鼬说了一句“反正我也活不了多久了”之后，宇智波止水为了让鼬亲眼看着“挚友”牺牲，从而开启万花筒写轮眼，同时也为了不让大蛇丸等掌握了“秽土转生”的忍者找到他的尸体对付木叶，宇智波止水便选择了跳崖自尽，木叶村连他的墓碑都没有。
由此可见，宇智波止水的真实死因，不是跳崖，而是身中剧毒。虽然这是火影忍者游戏中的剧情，但这剧情也是岸本齐史老师亲写的，所以也算是原作剧情。宇智波止水虽然不输鼬，但是小小毒烟也能让优异忍者致命，这是剧情杀，谁也没办法，宇智波止水再怎么优异，也是“非死不可”。但按理来说，木叶高层，特别是志村团藏，在处理宇智波一族这件事情上，做错了。不管什么，一旦走上极端都会有失偏颇，包括志村团藏的“正义”
