公元1398年，明太祖朱元璋驾崩，因建文帝朱允炆主张削藩，次年七月，燕王朱棣在北平率军南下，“靖难之役”爆发。此战历经三年多，建文帝连续几次用人失误，导致胜利的天平向朱棣倾斜。
建文四年，朱棣从北平再次出发，准备最后一次南征，姚广孝（道衍）一直把朱棣送到郊外，告别之时，姚广孝跪在朱棣面前，向朱棣提了一个要求：
“南京有一个叫方孝孺的人，此人学问极深。您占领南京之后，他必定不会投降，我请您不要伤害他！因为他是天下读书人的种子。”
朱棣早闻方孝孺之名，听姚广孝这么一说，立即对他点头，答应了此事。
随后，朱棣成功渡过长江，攻下镇江，大军直逼南京。南京城内的朱橞、李景隆等人看大势不妙，立即倒戈，打开金川门，迎接朱棣入城。于是，北军杀入皇城，建文帝见大势已去，纵火失踪。
南京城破，建文帝的心腹大臣们都未能幸免，朱棣早已拟好了“逆臣”名单，让心腹将领按名单抓人。方孝孺在城破当天被抓进大狱。
接下来的事情果然如姚广孝所料，方孝孺宁死不肯投降，朱棣于是派了方孝孺的两个徒弟廖镛、廖铭到狱中去劝说方孝孺，没想到方孝孺却对徒弟们破口大骂：
“你俩跟着我这么多年，竟不知道什么是仁义是非！”
徒弟被骂得落荒而逃，再不敢劝老师投降。朱棣无奈，只得继续将方孝孺关押起来。
六月十六日，朱棣登基的前一天，登基前的准备一切就绪，就差一道即位诏书，大儒们都推举方孝孺来写诏书，毕竟，方孝孺是“读书人的种子”。朱棣连忙派人把方孝孺从狱中“请”来，只见，方孝孺“斩衰入见”，他穿着孝服来见朱棣，在大殿的台阶下痛哭建文帝。
接下来，朱棣和方孝孺进行一场“大辩论”，朱棣对方孝孺说：
“我是要效仿周公，来辅佐自己的侄子。”
西周时期，周成王年幼，其叔父周公呕心沥血辅佐幼帝，终成一代佳话。朱棣说自己是周公，方孝孺嗤之以鼻，他问朱棣：
“那你的侄子在何处？”
建文帝此时已经失踪，没有侄子的周公，就不是周公了，而是篡位者。朱棣回答：
“他自焚了。”
言下之意，侄子不在了，我这个叔叔可以直接治理天下了。
方孝孺对朱棣的回答充满不屑，继续问：
“那你为何不立你侄子的儿子呢？”
按照古代宗法，父死子继，断然没有侄子传位给叔叔的道理，建文帝的长子朱文奎已经失踪，次子朱文圭当时还在宫中，是完全可以被立为新君的。朱棣辩道：
“国家需要年长的君主，侄子的儿子太小了。”
朱文奎当时只有2岁，朱棣说他太年幼。方孝孺又问：
“那你为何不立你侄子的弟弟呢？他并不年幼。”
建文帝的弟弟吴王朱允熥当年25岁。若朱棣以年幼为理由拒绝，是说不过去的。朱棣被方孝孺问得哑口无言，只能回答说：
“此乃朕的家事，就不劳先生操心了。”
可以说，朱棣和方孝孺的这场辩论，朱棣的立场在古代宗法上是站不住脚的。因此，朱棣结束了这场辩论，给方孝孺纸笔，对方孝孺说：
“我的即位诏书，非先生来写不可。”
方孝孺将笔扔在地上，墨水四溅，骂道：
“死就死了，我绝对不会给逆贼写即位诏书。”
朱棣气急，问道：
“你不怕死，难道不怕我灭了你的九族吗？”
方孝孺哈哈大笑，对朱棣说了一句震惊后世的话：
“便十族奈我何？”（这句话出自《明史纪事本末》，译：就算你灭我十族，又能怎样？）
朱棣怒不可遏，让左右侍卫把方孝孺的耳朵割掉，然后把方孝孺的亲属朋友逐一绑来，当着方孝孺的面一一杀死。每杀一人，便问一下方孝孺写不写诏书，先杀方孝孺的妻子郑氏和他的几个儿子，然后杀方孝孺的母族林氏一族，再杀方孝孺的妻族郑氏一族。
看着亲人一个个死在自己面前，方孝孺始终不写诏书。史载：
“九族尽戮，亦皆不从！”
九族已经杀完，朱棣如方孝孺所愿，把方孝孺的门生廖镛、林嘉猷等逮捕到场，当场一个一个杀掉，至此，方孝孺的“十族”全部被杀。
一个个鲜活的生命，倒在血泊中，这种凄惨和悲壮，连周围的官员都不忍直视。在杀方孝孺本族的时候，有一个人的表现值得一提，他就是方孝孺的弟弟方孝友。
方孝友被铁链捆绑着出现在方孝孺面前时，方孝孺内心是极其复杂的，没想到，方孝友主动在哥哥面前写了一首诗，曰：
阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。
华表柱头千载后，旅魂依旧到家山。
然后，英勇地走到屠刀之下，准备接受接下来的屠戮。史载：
孝孺目之，泪下……不愧为孝孺之弟也。
方孝孺看着弟弟的诗，心中万分悲痛，泪流满面。这不愧是他方孝孺的弟弟，他对弟弟的表现非常满意，因此，这泪水虽然悲壮，但却充满欣慰。
而后，方孝孺就义，她的两个女儿联袂投河而死。方孝孺案，前后多达八百七十三人被杀，血流成河。
方孝孺的选择，值得敬佩，在儒家忠孝仁义的思想下，方孝孺选择忠于建文帝，斥责篡位者，从后人为方孝孺立忠祠，可以看出后人对他的认可。
然而，也有人对方孝孺的选择表示质疑。毕竟，因为方孝孺的“倔强”，导致八百七十三人丧命。笔者认为，这么评价方孝孺，是不公平的。杀人者，是朱棣，并非方孝孺，这个事实不容否认。只是，朱棣把杀人的行为强行归咎于方孝孺身上，方孝孺本无辜，忠义亦无辜。
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