《隐秘而伟大》播了三十多集，李易峰饰演的男主角顾耀东，依然像一张白纸一样，对于情报工作一窍不通。但在他从南京回到上海，被刑一处逮捕审讯后，剧情将反转，顾耀东开始瞬间成熟，先是陷害王科达，接着打死钟百鸣。
在《隐秘而伟大》中主要有两个反派角色，一个是王科达，一个是钟百鸣。王科达是刑一处处长，专门抓捕爱国志士，革命同志。
钟百鸣是二处处长，为了升官，抓捕了不少地下党，也是个刽子手一样的角色。
这两人都是处长，而顾耀东只是一名底层警员，就是这样大的身份差别，依然被他消灭。
顾耀东被刑一处审讯后，没有问出任何问题，他提前给齐升平的一封情报救了他一命，齐升平还把顾耀东当成自己人。
王科达虽然放过顾耀东，但是对他不放心，就把他调到刑一处监控，等他露出蛛丝马迹后抓捕。
顾耀东在一处，无意中听到警员向王科达汇报，被地下党打伤的一个绑匪，在医院即将苏醒，王科达知道后考虑到在医院不安全，就打了个电话，把受伤绑匪转移到一个安全地方。
顾耀东虽然没有听到王科达打电话的内容，但是根据猜测，应该是转移绑匪，就到电话交换室偷偷查王科达的电话打到哪里，随后他协助沈青禾到王科达家里，用他的私章办理了几个通行证。
上海地下党组织老董，安排几位同志伪装成一处人员，拿着顾耀东办理的假通行证，成功把绑匪带走。
上海地下党利用绑匪和记者曾经拍摄到的图片，公布了“太平计划”。因为受伤绑匪被地下党带走，通行证上盖有王科达的私章，以至于他被怀疑通共，被乱枪打死。
王科达死后，钟百鸣接替他担任一处处长。夏继成到上海传递情报，钟百鸣知道后带队抓捕，被顾耀东在背后用枪打死。
