电视剧《潜伏》算是近些年来少见的谍战剧精品，从剧情设计和演员的表演以及细节、道具的处理都非常到位，写实的风格、紧张的情节和一张一弛的叙事节奏都体现出导演的功力，但是细看几遍以后，还是发现了一些情节在逻辑上混乱和不真实的地方，一下一一列举。
1、抗战胜利后，余则成是被军统天津站站长吴敬中点名要来天津站的，老奸巨猾的吴敬中既然调余则成来自己身边，并且明确告诉余则成：“你是我的人”，他对于余则成的个人情况必然非常清楚甚至应该有完整的档案资料，余则成在重庆跟左蓝的关系是公开的，已经到了谈婚论嫁的程度，而左蓝当时经常在报纸刊物上发表激进文章，吴敬中也一定知道左蓝这个人。所以当军事调处谈判阶段，左蓝作为军调代表之一，名单早就报给国民党方面了，吴敬中也应该提前知道左蓝会出现在天津。但是剧中吴敬中是命令远在延安的特务佛龛调查余则成，从佛龛处才知道左蓝的名字，而且左蓝在天津出现吴根本不知道，这个情节就不切实际了。
2、第8集戴笠视察天津后乘飞机返回南京，飞机失事后余则成和马奎聊天时说：“戴局长仙逝了，这回保密局该姓郑了”，意思是郑介民可能接替戴笠成为新领导，但是这个时间是1946年3月，还是军统时期，到7月才成立保密局，在后面15、16集专门描述了军统改成保密局过程，这又是在时间和台词设计上的明显疏漏。
3、电视剧结尾余则成随吴敬中到台湾后，继续与地下党接头人在香港见面，并委托接头人寻找妻子翠萍，接头人却说“如果你不知道她的真实姓名，就很难找到了”。实际上余则成当初投靠中共时，是由中共特务机关的最高长官李克农直接领导和管辖的，余则成的档案是高度机密，当然包括所有配合他开展工作的人员名单，连同源书店的罗掌柜都能找到，怎么可能没有翠萍的详细资料呢？简单地说一句找不到了显然是不合逻辑的。只是编剧为了突出余则成和翠萍为了革命牺牲爱情的悲剧色彩而故意设计的剧情，是为了赚观众眼泪的。
4、我党为了配合余则成在台湾继续潜伏，居然派了晚秋以华侨身份去台湾跟余则成结婚，这又是明显的情节漏洞。要知道吴敬中也在台湾和余则成共事，而吴敬中对穆连城和穆晚秋早就认识，还敲诈了穆家很多钱财，连穆晚秋和谢若琳住进余则成隔壁成为邻居，也是吴敬中一手安排的，怎么可能还派晚秋冒充日本华侨去台湾潜伏呢？这个编剧漏洞就大得有些难以原谅了。
另外还有一些小细节也不甚到位，本文就不一一细数，总体来说还是一部精品。
