长门是漩涡一族的后裔（血统遗传自母亲），“晓”的首领，继半藏之后雨隐之村的新一任首领。拥有宇智波斑所给予的轮回眼，是佩恩六道的操控者。原为第二次忍界大战雨隐村的战争孤儿，在识别了小南和弥彦后跟随自来也学习忍术。一生经历了父母双亡及弥彦之死两大痛楚后，被“宇智波斑（宇智波带土）”蛊惑，决定在痛苦的轮回中孕育和平。
在摧毁木叶事件中，被漩涡鸣人感化，重拾少年时期的梦想，牺牲自己使用“外道·轮回天生之术”复活了佩恩袭击木叶一战中死去的人，在将自己的意志托付给鸣人后力竭而亡。第四次忍界大战中被药师兜使用“秽土转生之术”召唤当做工具，之后被宇智波鼬、漩涡鸣人和奇拉比联手封印。
轮回眼
宇智波斑为了实行月之眼计划，将轮回眼移植于千手一族的远亲漩涡一族的后裔——幼年的长门身上，期望日后长门能用外道·轮回天生之术复活自己，而长门从此拥有了轮回眼。
哭泣的国家
第二次忍界大战时期，两名木叶忍者闯入长门家里。误以为长门的父母为敌方的忍者遂将其父母杀死。受惊的长门无意识地使用轮回眼，将入侵者击毙。失去了双亲的长门从此过着流浪的日子…后来晕倒在路上被经过的小南救起，并把长门带到了一个基地里结识了弥彦，同为战争孤儿的三人决定相依为命。
一天三人走在路上险些被天上落下绑有引爆符的苦无击中，随后三人发现在不远处雨隐之村的首领半藏正与三位木叶忍者（后来的木叶三忍）交战。当时沦为三大国主战场的雨隐之村战乱不断。回去之后，长门和弥彦、小南为了得到力量使自己变强，能改变这个长期战乱不断的国家，决定跟之前和半藏交战的三位木叶忍者学习忍术。于是三人一起开始踏上了寻找木叶三忍的旅途……历经艰险，三人终于邂逅了木叶三忍。后来自来也决定留下照顾战后孤儿，权当作对这个饱受战火的国家的补偿。
第二次忍界大战结束后，雨隐之村还处于动乱时期，依旧有残留流亡忍者为了抢夺食物财产甚至为了报复去骚扰雨忍村民，这段时间长门三人在自来也的教导下学习忍术。
三年后，自来也看到三个孩子可以独立了，把和平的重任托付给了长门就离开了他们。
挚友殒命
长大后的三人以弥彦为首创立了晓。立志不靠极端武力来创造世界和平，之后有许多人加入了这个组织，晓逐渐壮大并声名鹊起。远在木叶的自来也还偶尔听到他们在几次战斗的事迹。中途宇智波带土（此时身份为宇智波斑）曾经找过长门，并试图拉拢长门等人，但被长门弥彦拒绝。
当时的雨隐之村的首领半藏受到志村团藏的蛊惑，害怕他们势力的扩大会威胁到自己的统治地位，所以半藏欺骗他们说，想借用他们的力量，向火、风、土三大国提出和平的交涉提案（因为雨隐之村处在三大国的交接处，战略地位非常重要，而且当时第三次忍界大战愈演愈烈），弥彦答应了他的请求。但是他们到了会谈的地点，才发现这是个圈套，半藏勾结团藏，在会谈地点埋伏，参与抹杀他们三个的还有木叶的暗部。半藏以事先擒获的小南的性命作要挟让长门杀了弥彦，弥彦为了救小南让长门杀了自己。在不知如何抉择之时，弥彦撞到了长门的苦无上，倒在了长门身旁。就当半藏要将他们全部歼灭的时候，长门挡住了半藏的手下的所有攻击，然后救下小南，双腿中了半藏的火遁·起爆炎阵。眼见遭受欺骗，挚友又死于眼前，在极度愤怒之下使用轮回眼召唤出外道魔像，震惊了全场所有人。之后木叶的暗部和半藏的手下都被外道魔像抽取灵魂，半藏、团藏落荒而逃。
弥彦死后，长门成为了晓的首领，并使用轮回眼制出了尸体傀儡佩恩六道，弥彦的遗体被长门制作成为佩恩六道之中的天道佩因，用来统率晓组织。
后来，半藏被长门操纵下的佩恩六道所杀，从此长门支配了雨隐之村。
对战自来也
自来也为打探晓首领的情报，潜入了雨隐之村。之后见到了佩恩及小南，这才知道原来晓首领佩恩是自己第二次忍界大战末期在雨隐之村所收的徒弟——长门。冷酷无情的佩恩已不再顾念师徒之情，故一场师徒之战一触即发。自来也使出仙人模式，并召来两位蛤蟆仙人（深作及志间仙人）相助，成功打败了佩恩三道。但因之后不了解佩恩六道的相关情报，所以最终被佩恩六道打败而亡。但最后自来也查出了佩恩六道及其本体的秘密（都是自己曾经遇到的忍者，佩恩六道均为尸体傀儡，受长门操控）。
摧毁木叶
佩恩和小南一起袭击木叶捕捉九尾人柱力——漩涡鸣人。修罗道、畜生道、饿鬼道分为诱敌组；天道、人间道、地狱道和小南为探索组，开始了袭击。期间与卡卡西交战，并杀死了卡卡西，在用人间道得知了鸣人在妙木山后，控制天道腾飞到木叶上空，然后用畜生道将修罗道、人间道、饿鬼道、地狱道还有小南通灵到木叶村外，不惜以缩短寿命的代价，执意使用了神罗天征将整个木叶隐村摧毁！之后佩恩六道与从妙木山赶回来的漩涡鸣人交战。
佩恩六道被漩涡鸣人逐个击败后，鸣人在小南用纸制作的一棵大树里找到了佩恩的本体——长门，两位预言之子终于相遇。鸣人想要知道长门的过去，并想从长门的经历找出和平的答案。长门将父母之死及挚友弥彦之死一生两大痛楚向鸣人讲述后，鸣人拿出了自来也的写的第一本书《毅力忍传》。《毅力忍传》的写作灵感来源于自来也的一个弟子，这个弟子正是长门。一番谈话后，长门被鸣人所感化，重拾年少时期的梦想，放弃和宇智波带土的原定计划，用外道·轮回天生之术复活了在木叶一战所死之人，将自己的意志托付给了鸣人，期待鸣人能够完成《鸣人物语》，力竭而亡。
