兜的一生经历坎坷，成长故事不比主角平淡，没有家族背景，没有强大的遗传基因，完全是靠自身努力以及相信科学造就了自身后期的强大。由正到邪，再由邪到正，究其一生都在寻找真我的道路上。
童年
第三次忍者大战时期，兜尚幼年，因伤失忆不知双亲，被孤儿院院长药师野乃宇（原谍报部成员，称号“行走的女巫”）收留，起名药师兜，并赠送给兜自己的近视眼镜，期间兜学会了医疗忍术，并在一次给木叶忍者疗伤时初次遇见了大蛇丸。
后来团藏以条件交换，将兜纳入麾下，加入“根”后被培训成忍者间谍，在云、雾、砂、岩等国忍者村搜集情报。五年后因团藏一系列的阴谋，而将收养自己的药师野乃宇杀死，随后作为第一位访客被大蛇丸带到基地，在得知真相后加入不隶属任何国家的音忍者村，并利用大蛇丸捏造的身分重返木叶。
追随大蛇丸
成为大蛇丸手下后，初次登场是在中忍选拔考试上，而此时的兜已具有上忍实力，同期考试能胜过他的只有我爱罗。在之后的大事件中多次协助大蛇丸，包括大蛇丸大战三代火影、三忍之战中都起到了重要作用，也为大蛇丸治疗伤病、科技开发及制药有很大帮助。
值得一提的是，在三忍之战时，兜使用查克拉手术刀将鸣人心肌切断，当时鸣人几乎已死，但被纲手创造再生自愈而救活。
自此之后，兜退居幕后，专心搞科技，同时也为君麻吕治疗。到天地桥大蛇丸大战四尾鸣人时，救治了被鸣人打伤的小樱。
大蛇丸死后
大蛇丸被佐助杀死后，兜顿悟寻找真我，意图变得更强大，于是把大蛇丸的躯壳移植到自己的左半身，却因不擅于操控移植来的躯壳，而被大蛇丸慢慢侵蚀。
之后的修炼中，兜完全掌控了与大蛇丸相近的力量，身躯和蛇的形态也产生了融合。
第四次忍界大战
在泷隐村和带土对峙时，自称已超越二代火影和大蛇丸，将宇智波鼬、蝎、迪达拉、角都和长门秽土转生，并以带土缺乏的战力和在黑绝的帮助下找到的宇智波斑的尸体并秽土转生来换取佐助为条件，最终二人达成合作。
其后，仙人模式的兜与佐助及用别天神摆脱秽土转生的鼬交战，被伊邪那美击败后，鼬用幻术控制解除秽土转生，所有被秽土转生的灵魂都被解除，但斑在即将解除之际，终止了与转生者之间的通灵契约，得以继续留在战场。
随后，以解邪法印重生的大蛇丸解除了兜的仙人模式，取回自己的查克拉后与鹰小队同行。 兜最终重拾自我，终于脱离了鼬的伊邪那美，以仙人模式出现在战场，在二代火影的帮助下，抢救濒死的佐助。
斑开启无限月读后，兜连同其他人一起中了此术并被神树缠绕，直到被解除。
战后
由于兜已醒悟，在忍界大战中抢救佐助，间接带来忍界大战的胜利，所以不再列入叛忍名单中。
与儿时的伙伴乌鲁西一同在木叶开设了孤儿院，并担任院长，重兴养母的旧业。收养了一批克隆人“宇智波信”，信不是宇智波家族的人，只是仰慕宇智波鼬，所以改姓宇智波，本体血轮眼是移植（据说是团藏死后手臂上的血轮眼）来的。
