但是读过《红楼梦》的人，光凭感觉就能认为妙玉身世不止这些。
那么妙玉到底若何，一直以来就是“红学”爱好者致以探求的一个谜，也提出许多种假说。17回末，说妙玉今年18岁，从18回元妃省亲到54回，小说整整写了一年的故事情节。从41回品茶看，5年前（应是12-15岁时）妙玉在苏州玄墓蟠香寺时收集梅花雪。说明妙玉12-15岁之前就已代发修行蟠香寺。再从63回岫烟说和妙玉做了10年邻居，这一回宝玉15岁生日，即岫烟15岁，可见妙玉10来岁自幼就出家遁入空门了。
妙玉父母在妙玉幼年时就双双亡故，为什么死的？怎么死的？书上没说。那既然妙玉的家族很是富足（从妙玉大观园献茶的茶具看），父母死了，那族中其他亲人还是在的。妙玉自幼真是因体弱多病，找替身不行，自己亲自出家为尼的吗？
其实，妙玉只是不得已才进入佛门，她不是勘破红尘，所以代发修行。她只是自小就过着佛院的生活，打坐，吃斋，诵经，习惯了那样的生活。妙玉自始至终也未承认自己是出家人。这一点，妙玉自己也说“咱们的闺阁面目”（76回），妙玉就是空门里的姑娘，佛门只是她的避风港。那么，为何蟠香寺的师父执意要收留一个带发修行，身边有一个丫鬟和两个嬷嬷伺候的妙玉？是为了赚取钱财？还是同情病人？还是有意隐匿？
和妙玉十年之交的邢岫烟，再次向我们揭示了一个秘密。妙玉当年在苏州蟠香寺，不合时宜，遭到当地权势不容。为何当地权贵达就官容不下一个尼姑？妙玉是因为在苏州呆不下去了，才北上京城的吗？
因为妙玉的家族也是苏州一个大世家，曾经和江南甄家、贾家祖上有来往，朝廷的贡茶，就是专门有她家负责的。她家待客之茶，就是六安茶，故而贾母识得。从来厌恶清高孤傲的王夫人，听了林之孝媳妇一番话，“他既是官宦小姐，自然骄傲些，就下个帖子请他何妨。”次日便令人写了请帖，遣人车轿把妙玉请了来。这是因为王夫人年轻的时候，也是和妙玉家有来往的。
话说妙玉家族因为坏了事，抄家，妙玉的母亲委托求助妙玉她家的家庙蟠香寺师父，偷渡了年幼10来岁的妙玉，到玄墓山蟠香寺隐匿，因为放不下年幼的女儿，叫贴身丫鬟和两个嬷嬷，也打扮成出家人模样，伺候妙玉的衣食起居。在抄家前，偷运几箱家世珍宝及部分财产到蟠香寺，留着妙玉日常费用及蟠香寺开销使用。
因为抄家，妙玉父母死亡，族人受牵连打的打、卖的卖、死的死。抄家，家庙是不在抄没查封入官范围之内的。何况，妙玉家在苏州城内，家庙蟠香寺在城外的玄墓山，故而蟠香寺没有受到搜检牵连。小妙玉因是罪家之女，平日不便随意出外走动。所以对外一概说自己是因为多病才入空门的。所以妙玉师父才会收留她，并对她那么好。所以小邢岫烟她家租赁妙玉家庙的房子，还没事儿时候就去和小妙玉一起作伴，尤其妙玉师父带人去其他人家做法事的时候。
虽然过了几年后，妙玉家族抄家一事已经渐渐平息，没人再提起当年抄家时丢失或遗失的小女孩的下落。但是“纸终究是包不住火的”。妙玉也出落成豆蔻妙龄女子，平日或偶尔总会出头露面的，可是有时候当地权贵人士或者达贵公子哥，去玄墓山游玩或赏梅花，或到蟠香寺里进香或祈愿，见着这么一个绝色带发修行的女尼，自然纠缠不清。
三番五次来滋扰，而妙玉清高孤傲，不予理睬，时间久了，当地权贵或贵族公子等好奇心愈重，总以“侯门公府，贵势压人”，这让妙玉及妙玉师父很是为难。要是当地权势再威逼利诱故意刁难妙玉师父，那妙玉和师父 ，自然在苏州，在蟠香寺是呆不下去了，谋划好，找个借口“因听见‘长安’都中有观音遗迹并贝叶遗文”，特意去京城拜访。连夜带着丫环和嬷嬷，一伙人离开苏州，一路奔向京城西门外的牟尼院。因为这个牟尼院里的主持，是妙玉师父的故交，大家自然安心静养。
可惜妙玉师父年迈多病，于当年冬天不幸圆寂，为了妙玉的安全着想，也对得起妙玉死去的父母，临终遗言叫妙玉不宜再回苏州，只在京城，日后自会有安身之地。
80回后，当听闻探春不几日就要远嫁海疆，夜晚宝玉和黛玉去看望安慰探春一回，在回去的途中，听到一曲古琴声。词调甚古，用的是骈赋体，曲高和寡。宝玉说要去看看，黛玉说“从古只有听琴的，再没有看琴的”，二人一面听，黛玉一面解。
我觉得，烹茶操琴，更适合妙玉。大家想，夜晚一曲清玄的古琴声，一段骈赋词调，曲音更是曲高和寡，更何况是在栊翠庵，还是槛外之人妙玉在弹奏，这岂不是更符合妙玉的孤僻奇谲的性格吗？通行本中是黛玉感伤悲秋，弹奏一曲，是宝玉和妙玉听琴声。但其歌辞和黛玉一点也不相符，很怪异的说。
如果是夜晚，如果是园中管事媳妇和婆子夜里巡查园子，听见栊翠庵的古琴声，一群下人开始纷纷议论，窃窃私语，说的都是诸如“哪里像个出家人？还听说万人不如她眼！我呸！败坏出家人的名声！佛门清规出家戒律，白白被她给玷污糟蹋了！”之类的话，这就是“太高人愈妒，过洁世同嫌”的情节之一了。
紧接着，管家媳妇或婆子，却发现了花树下窃窃私语讨论妙玉的琴声的宝玉和黛玉的黑色身影。众人联想起先前司棋事，以为又有丫环下人夜晚偷情做出轨丑事，好抓个正着，献媚报告主子去，便大呼小叫一群人扑向宝黛，满口“丢人现眼”、“清白自毁”，结果发现是宝二爷和林姑娘，才讪讪去了。宝玉倒无所谓，倒是黛玉自觉失了颜面，这更是为后来恶奴及赵姨娘等人向王夫人献媚谗言黛玉和宝玉不雅之事做埋伏，做铺垫。
岫烟的婚事将近，众人或一诗或一字或一女工道贺，妙玉置身栊翠庵，只叫丫环送了去，自己一直心爱的兰砚作为表礼。这就是妙玉自谓蹈于世外，不与流俗，却抛不开常人的情节，所谓“云空未必空”！！
还有通行本中贾母病重，一日妙玉亲去看望。我觉得那一段较好。80回前是贾母带着众人去妙玉的栊翠庵品茶，如今是贾母病重，众人守着，妙玉带丫环来探望。今非昔比，前后对照，很有意趣。
前80回妙玉一次是请黛玉和宝钗吃自己珍藏的梅花雪茶，另一次是中秋夜续补黛玉和湘云的联对。80回后，妙玉还会和黛玉、宝钗、湘云有故事情节的。尤其是有关黛玉和湘云结局的。“只是方才我听见这一首中，有几句虽好，只是过于颓败凄楚。此亦关人之气数而有，所以我出来止住。”就是这个意思。
黛玉死，妙玉念其旧情，特为其亲笔抄录万字佛经，以示追念。
在后来，黛玉死，宝玉回，不久与宝钗完婚，婚后，夫妇二人重游大观园，昔日姐妹们玩笑的大观园已是荒草丛生，枯木参差，荷败池水涸，秋风扫落叶，怡红院，潇湘馆，秋爽斋，藕香榭，蘅芜院，一处处庭院，蛛丝儿满系，旧窗纱无人再换。玉钗夫妇一边感慨旧时风光，岁月蹉跎，尤其在宝玉离开大观园的那一年里，发生了太多太多的事。正所谓脂批“宝玉夫妇二人谈旧”的情节了！去看望了稻香村的李纨后，信步走到栊翠庵，钟声依旧警人清醒，二人和妙玉小坐一回。
当晚，妙玉打坐，袅袅香烟，梦中，宝玉走来，劝妙玉早为自己后尘做打算，元春已死，贾家渐渐衰落，在此不宜长留。梦中醒来，妙玉反复思虑，打算几日后，辞别贾府启程南下，到常州的当年师父交情深厚的某某庵中。不想夜里寒露来袭，次日便生了病，南下常州的事便暂时搁浅了。
紧接着不久之后，就是贾府抄家了。
贾府被抄家，大观园被官兵抄检搜查，昔日的怡红院、潇湘馆、藕香榭、秋爽斋等昔日姐妹的住所如今已是物是人非，死的死，散的散，却被官兵胡摔海砸，弄的狼藉一片。栊翠庵虽为贾府家庙，不在官家抄没上报财产范围之内，但是因为在大观园里，离的很近，依旧被官兵抄检过，当一群恶煞犹如今日之城管街头执法打人一样，毫无道理，强行搜查有无枉法犯禁藏匿之物，一是发现了这么如此绝色的女尼，二是果然搜检出一箱宝物，被上报，连同妙玉被扣押。
在扣押的牢房中，其他犯事者，见了送来的肮脏不堪的吃食和水后，争抢不已，而妙玉却嫌脏不吃不喝，哪怕她的丫环劝解只喝点水吧，这里不是栊翠庵，哪里有好水好茶？妙玉执意不从，连和这些污浊的下人婆子关在一起，已经觉得自己不干不净了！只是紧闭双眼拨动佛珠默念而已。被其他的下人婆子嫌弃嘲笑侮辱谩骂，这就是真正的“太高人愈妒，过洁世同嫌”的故事情节二了！！
妙玉后移交某王府，譬如“忠顺王府”。不但宝物触手可及，更重要的是得了个绝色美人儿！妙玉受了贾府抄家的牵连，而贾府同样也遭到妙玉的牵连。忠顺王爷派人核对并质疑，妙玉的一箱子宝物，是贾家抄家时提前藏匿在家庙栊翠庵的，而且这箱子宝物里，其中还有宫家禁物，致使贾家罪加一等，同时贾府人却不知道事情原委，死不承认贾家藏匿宝物至妙玉处，致使被严加拷打，很可能长史官打听到贾宝玉和妙玉有来往，交情深，严加拷打的就是宝玉，而宝玉为了妙玉，就是一句不说，逼供也不说。这就是宝玉“心爱”妙玉了，“就便为这些人死了，也是情愿的！”（34回宝玉挨打后）
因为被逼供严加拷打，伤势严重，昏迷不醒，宝玉才被从监狱抬到狱神庙，才会出现后来的狱神庙茜雪救宝玉的感人情节，才会有贾芸一心想方设法要把宝二爷救出监狱（这个走着进去，横着出来的地方），才会有小红探监送饭菜。后宝玉大难不死。
妙玉在王爷府，虽得忠顺王爷宠爱，但仍一再刻意疏远王爷，愈是这样，王爷愈是喜欢，欲要博得赚取她的芳心。更有王爷儿子小王爷虎视眈眈，欲得妙玉，更有王爷夫人看着妙玉受宠自己冷落，一心趁王爷不在时，故意刁难折磨蹂躏妙玉。最终，妙玉求王爷放了贾宝玉，自己就答应嫁给他。就在王爷娶妙玉为妾的那天，宝玉获得释放，回到宝钗家在京城的旧房子里。而就在结婚的那个夜晚，妙玉投池自杀未遂，后被玷污后，转卖给一家青楼，小王爷后来才知妙玉被人牙子卖了，连连跌足感叹此生无缘。宝玉沦落在京城夜巡打更，某一天夜晚，看见了青楼上被逼接客泪眼模糊的妙玉，宝玉扑向妓院，结果被鸨母叫壮奴打得满身伤痛，趴在大街上。正所谓“好一似，无瑕白玉遭泥陷，又何须，王孙公子叹无缘！”
这家青楼见妙玉整日寻死觅活的，便转卖给另一家南省青楼了。就在转卖的京口通州码头，
妙玉碰到同是去南下寻夫的史湘云。自婚后不久，卫若兰家就被朝廷治罪。卫若兰西北战场兵败，被朝廷流放为戍，贬为湘西烟瘴之地，终身不得归家。史湘云女扮男装公子哥，带着女扮男装的丫环翠缕，去湘西照顾若兰。（76回湘云联对“乘槎访帝孙”）妙玉劝湘云原程返回，南下水路，路途遥远且艰险，水上行船常有风险，更有各类水贼流寇，打劫敲诈。二人就此永别。从此妙玉上了花船。
一路南下，几个月，妙玉日渐憔悴，心结抑郁成病，在花船上，在瓜洲渡口，妙玉瞧见了对面船里刚救出巧姐儿的刘姥姥。话说刘姥姥由孙子板儿带着，千辛万苦，赎出了卖于瓜洲茶楼勾栏里的巧姐儿，拜别瓜洲江神庙，到江边渡口搭了船，不远处，恰好看到对面花船里的妙玉。
妙玉巧遇刘姥姥，念及前尘旧事，巧姐儿得救，而自己却不得不屈从于青楼，触景伤情，靠近对面船只，妙玉愧解，泪劝安慰了巧姐及姥姥，刘姥姥也老泪纵横，爱莫能助，还说“还亏了当年姑娘你的成窑杯，卖了些个钱”。花船很快不得不离开了，别了刘姥姥后，当夜，花船上，达官爷们饮酒赋诗，狎妓玩乐，妙玉被一官爷买通，另换了船只好过夜，正是这个夜晚，这个月圆的中秋夜，官爷的私船，被一干水贼埋伏打劫，贼寇又贪恋妙玉绝色，正好劫财又劫色。而对于妙玉，达官权贵被贼人打劫，是大大的惩罚，对于自己，却是“刚下了刀山，又要进火坑”，正所谓“到头来，依旧是风尘肮脏委心愿！”
妙玉，轻叹了口气，道：“这就是我的结果了！”随后猛身一跳，投江自尽了！
正是：欲洁何曾洁，云空未必空。可怜金玉质，终陷淖泥中。
这就是一个“世难容”的妙玉！！
