在辐射4中，主人公其实是无限接近人类的合成成年人，或者说是克隆人。
在抱走肖恩的时候，冷冻的人都还是活着的。但是主角醒来后，周围的冷冻仓的人都因为维生系统故障死亡了。这就有点值得推敲了，一起来看看下面的内容吧！第一，唯独主角的维生系统没坏这种几率太低。
第二，不可能是学院和肖恩单独保存了主角，而关掉了其他冷冻人的维生系统。 学院的目标是人类纯正化，不管是前任还是肖恩都是不会不理智的处理掉剩下的冷冻纯种人类。
比较说的通的是，抱走肖恩后的一个时间点上，所有的冷冻仓因为故障，冷冻的人全部死亡，包括主角。
60年后，当行将就木的肖恩突然发现，自己的一生还有遗憾，那就是缺乏亲情父爱，同时学院需要个和他基因接近的领导者。于是一个计划诞生了，利用死掉的主角遗体DNA和大脑记忆，肖恩创造了自己的父亲-----一个拥有父亲记忆和全部DNA无限接近人类的新型合成年人。然后将这个合成年人放回冷冻仓，安排好一系列剧本测试准备后（包括克罗格带小肖恩，嗑药神棍等等），重新用远程遥控打开冷冻仓。
这也是学院化任务开始后，为什么肖恩见到主角后，对主角极度冷淡的原因，完全不是见到生父应有的表现，因为理性上肖恩知道这个不是自己父亲。
另外还有几个点，就是碉堡山后和肖恩的对话，
“我的父母因此便是不二人选，于是，你被安全地放入了避难所”——头部中枪的母亲记忆片段估计没法修复？但是能解释下安全放入了避难所嘛？
“联邦会像污染其他东西一样污染你的身体吗？”——抗污染的超强DNA人类技术？
“也许最令我好奇的是。。。过了这样久。你还会想到我吗？现在我得到了答案”——人类最基本的感情亲情和爱在这个实验体上都存在？
之后的董事会任务名也很耐人寻味， “重新定义人类”。
当肖恩提议主角为学院领导后
异议当中竟然有这样的回答：“这怎么合理？他不是我们的一员。。。。他甚至不是科学家！”——这个是指主角不是学院的人？还是董事会的人？还是压根不是真正的人类？
当主角完成最后任务后，最终出现将死的肖恩面前时。
肖恩说了如下话比较值得推敲：
“我们相处的时间很。奇怪，对不对。”
“我花好几年在想你的样子，思考我们错过的时光。”
“我希望你知道，我对这段时间的一切感到相当的感恩”
选--更多时间
“时间不长，没错，但总比没有来得好”总比没有来得好比较值得推敲
选--真高兴找到你
“我也是”——按道理掌权后的肖恩应该知道冷冻的地点，为什么会说 我也是？
最终
肖恩还是说出了“谢谢你，父亲，你帮助一个小男孩完成他的梦想”因为他知道，这个拥有父亲记忆和基因的合成年人，所做的一切，如果是真的父亲在，同样会做。对自己而言，这就是父亲。
肖恩作为学院领导的梦想是实现了，但是埋藏在自己心中那个小男孩的梦想是什么？应该是得到父爱。
至于主角不走学院线，走其他线嘛，对于肖恩来讲很简单，这不是他心目记忆中充满亲情的父亲，一个失败的合成年人实验品，没有亲情和爱的合成年人永远都不能称为人类，对肖恩来讲父亲已经死了。
谈谈本人为什么会有这样的脑洞。
被学院抱走抚养长大掌权后的肖恩，虽然能从改造后的克罗格的大脑记忆里知道自己被掳走母亲被杀的身世（另外克罗格的记忆是被加密过的），但是更有可能是从死去的父亲大脑记忆中获取这一信息，这也是为后面拿克罗格布局给出了合理的解释。
噶抓，一个没有终端的战前家用机器人在家守200年，燃料供给和维护是个问题，庇护山谷可是空无一人，而且噶抓是直接将主角引往墨菲大妈所在的义勇军。
所以噶抓的维护者很有可能是肖恩，游戏开始噶抓给的‘嗨 亲爱的’语音磁带，估计肖恩应该都听过。
但是作为学院的BOSS，为什么会维护一个老旧家用机器人？ 最大的可能是，肖恩从父亲记忆中看到了战前的温馨情景（也就是游戏的序章）
不管怎么讲，在一个被核弹摧毁的世界中，引爆为建设人类幸福未来提供能源的核反应堆的其他路线剧情，都是深深的讽刺。
游戏的开始目睹了核弹的爆炸和恐怖，结尾又一次目睹了核弹的爆炸和恐怖，这不是最好的结果。还是应了辐射的核心，战争从未改变。
PS：这里也别去探讨学院的人体实验，在历史中，原子弹之父 奥本海默的事迹，算是辐射4里面学院的现实写照。
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