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她大致出生于万历晚期，她的父亲是个江西商人，据说她出生的时候，有彩云覆于屋顶，她的父亲觉得很吃惊，觉得这个孩子应该是个异人，于是给她取个小名叫彩云。
万彩云从小随父亲到云南做生意，长期生活在云南的临安府（今建水），就象当时某些商人的女儿，她在长大后开始从事卖淫，做私娼（参考《金瓶梅》里的韩道国），由于她长得十分美艳，所以花名在外，阿迷州（今开远）的土司普名声都闻其艳名，普名声看到她就被她迷住了，很快就纳其为妾，普名声的夫人沙氏是安南土司沙源的女儿，但这个大老婆很快就被万彩云排挤了，不久后她又生下了一个儿子服远，普名声对她更是宠爱有加。
万彩云为人聪明机智，她嫁给普名声之后，逐渐的掌握了阿迷州的政权，普名声自奢安之乱后实力大增，他于崇祯四年发动叛乱，然而才一年的时间，崇祯五年，普名声病死，但这股叛乱并没有随之瓦解，万彩云在普名声死后，扶自己的儿子普服远上位，继续把持阿迷州的统治，并在各土司之间搅局。
万彩云喜欢漂亮的男人，她在后院蓄了几十个美男子以供其淫乐，如果对服务不满意，就把对方杀掉，不仅如此，她还和安南土司沙源的几个儿子都有来往，其中有一个人由于长得漂亮而受到万彩云的喜爱，普服远这时候日渐长大，对他妈妈的行为很不满，视这个新宠为眼中钉，有一天侍机埋伏在他妈的房子外面，等万彩云先出门后，就潜入房中，突袭杀死了还躺在床上的万彩云的情人。万彩云回家发现新宠死了，难过得跟死了丈夫一样。
这时她感觉老是这样也不行，于是她决定与安南土司联姻，招沙源的一个叫沙定海的儿子入赘阿迷州，然而沙定海有一点不能满足颜控的万彩云，就是他长得太普通，很快她又看上了沙源的另一个儿子沙定洲，沙定洲“年少白皙”，并且知书有计谋，更得万彩云的欢心，于是她又与沙定洲密谋杀夫，在杀掉沙定海之后，复又嫁给了沙定洲，她的儿子普服远与沙定洲年纪差不多，所以非常耻与这件事，与母亲的关系更加差，甚至分开居住，不久之后普服远突然死去，自此之后，阿迷州主要是由万彩云与沙定洲在执掌。
这两个土司联合之后，势力大增，1645年明亡，武定土司吾必奎发动叛乱，万彩云听从了她的妹夫，临安府生员汤嘉宾的计策，趁着平叛吾必奎的机会，滞留于昆明，在取得了黔国公沐天波的信任之后，出其不意的攻入黔国公府，最后占领了昆明，沐天波逃走，他的母亲陈夫人与妻子焦夫人于尼庵中自尽而死。
本来按万彩云与沙定洲的计划，他们可以就势占领整个云南，不想到了1647年，孙可望、李定国等人率领大西军入滇，孙与李利用当地百姓与其他土司对沙定洲与万彩云的不满，号称自己是黔国公焦夫人的族人武装的队伍，前来助沐氏报仇的，大家都以为这是真的，于是门户大开的让大西军一路攻到昆明，沙定洲与万彩云眼看对方来势汹汹，主动放弃了昆明，跑到了蒙自。
1648年，李定国，刘文秀领兵征讨阿迷州与蒙自，他们先后攻下了阿迷州与蒙自，丢了老巢的万彩云与沙定洲逃到了佴革龙，这里本来是沙定洲的老家，他们继续抵抗大西军，李定国将佴革龙包围了二十多天，并施行对对方断粮断水的计划，接着又在佴革龙老寨下的土山打洞，最终老寨塌了一角露出缺口，万氏夫妇继续逃到了九龙屯，沙定洲原以为会得到其他曾经结盟的土司的支持，但没想到这些人已经决定向李定国投降，于是他也决定投降，李定国却认为沙定洲向他投降只是诈降，于是设计让这些投降的土司前往他的营帐赴宴，沙定洲没想到这是一场鸿门宴，酒宴当场被抓了个正着。随后，李定国派兵到九龙屯活捉万彩云以及他们的子女。
万彩云被捉之后，有趣的一幕是，在很多人眼中，万彩云依然是多年前那个艳名在外的女人，当她成为俘虏时，围观的人却表现很失望，说她又黑又胖。最终万彩云与沙定洲被处以剥皮之刑，惨死于刑场之上。