鲸鱼搁浅的原因主要有地形论、失常论、向导论、返祖论、病因论、摄食论。
一、地形论，荷兰学者范、希·杜多克认为，鲸搁浅可能与海岸地形气象条件有关，因为它们多发生在坡度平缓的海岸。当鲸向这里发射超声波信号时，其回声信号会失真，使它根本探测不出深水的位置，从而导致迷途。
二、失常论，有人认为鲸群可能受到意外的刺激而仓惶出逃，或为了躲避捕食者的追击或人的骚扰而有意登陆搁浅的。
三、向导论，有些人认为有些鲸喜欢群聚，群中常有某个成员充当领导，整个群往往随其一起游泳，一起觅食，也一起逃跑。当头头因病或遇害而上岸搁浅时，整群鲸也就随之同归于尽。
四、返祖论，一般都承认鲸是由陆生祖先演变而来的，而在其由陆生到完全水生的漫长历史演变过程中，它们的祖先一定出现过许多中间类型，即水陆两栖生活。当它们在水里遇到不利情况时，就逃上陆地，寻找安全之处躲避风险，久而久之便形成鲸的一种习性。故有人提出一种假说，认为鲸搁浅是遵循其祖先所确立的道路所致。
五、病因论，现在越来越多的注意力都集中在病因上。鲸之所以离水上岸，主要是由于病魔缠身，身体虚弱不堪，无力驾驭风浪，随波逐流被海水推上海岸，或是有意爬上海岸寻求喘息之机。因为在这里它不必每喘一口气都要挣扎着浮出水面。
六、摄食论，有人认为鲸的近岸摄食习性对其搁浅有一定的影响。当鱼和乌贼徊游近岸或产卵生殖时，鲸群也跟踪而来。由于嘴馋贪吃，恋食忘返，造成退潮后搁浅。