淮安慈云禅寺原名“慈云庵”,始建于明万历年间，当初规模很小，没什么影响。康熙十四年秋，被顺治帝封为国师的玉琳通琇法师来到“慈云庵”挂单后，此寺声誉雀起。
据传说，顺治十七年八月十九日，宠妃董氏去逝，顺治悲伤欲绝，万念俱毁，在漫长的丧礼结束后，竟于当年十月命茆森溪为自己削发，坚欲出家。十月十五日，玉琳琇奉旨进京，闻茆溪森为顺治净发，及命众集薪，以架火烧死茆森溪相要挟，顺治才答应蓄发，暂收弃国皈依佛门之心，因而出家未果。因此，玉琳国师与清帝廷有着特殊的关系。
玉琳是汉传佛教中唯一受封为国师的人，康熙十四年(1675年)八月十日圆寂于淮安清江浦“慈云庵”。历代清帝因此对慈云寺都很重视。康熙帝曾颁布诏书，令厚葬玉琳，并命扩建慈云庵，增建法王塔；礼部尚书王熙亲撰《能仁国师塔铭》，勒石纪念这位佛学大师。后来，雍正帝又下诏书要求按照大丛林样式再次扩建，并改名为“慈云禅寺”。乾隆帝南巡时曾两次入寺瞻礼。至此，慈云禅寺已名扬天下，成为淮东第一寺。近代以后，慈云禅寺受战火及人为破坏严重。1986年,在政府的支持下，慈云禅寺又重新修缮、扩建，如今已十分宏伟壮观，国师殿内新塑的玉琳国师像形神兼备，栩栩如生；僧寮、客房、斋堂齐备，成为四众弟子学佛修持的清净道场。
玉琳国师的高行韵事在佛教界流传已久，其中洞房跑香、一个半徒弟、"免朝"保驾等等传为禅林嘉话。近年来，根据星云大师的《玉琳国师传》改编的台湾电视剧《玉琳国师之再世情缘》风靡海峡两岸，又唤起了人们对玉琳国师的关注，玉琳国师成为人们津津乐道的人物。