《初恋》的影名容易让人误解这是一部甜美的青春剧，其实这是一个苦涩的心理救赎故事。
清早的大学女厕所内，美术教授圣山那雄人躺在血泊中，而她的女儿圣山环菜提着一把沾满血的刀神情恍惚地跑回了家。
被捕后的圣山环菜丝毫不配合调查，甩出一句：“你们去查出我的杀人动机。”一个年轻貌美的女大学生为什么会杀人呢？而且是自己的父亲，媒体大肆报道和渲染，许多人关注猜测。
临床心理师真壁由纪受出版社委托，将这次事件编撰成书，她打算查出事件真相，深挖其背后的心理原因。
由纪有个温柔体贴的摄影家丈夫真壁我闻，而丈夫的弟弟庵野迦叶正好是负责圣山环菜案的律师。
一个是嫂子，一个是小叔子，关系微妙的两人为了找到圣山环菜的杀人动机，开始四处奔波，寻找证人。
先是找到圣山环菜的前男友，在讲述两人关系时，环菜和前男友的说辞居然完全相反，究竟谁在说谎？
有些糊涂的真壁由纪和庵野迦叶又找到了环菜的母亲，一个漂亮冷漠又有点儿躁狂的女人，女儿环菜在她口中成了一个“撒谎成性”，一无是处的问题少女，可是她的叙述和回答，都有一个迹象，这个母亲不太了解自己的女儿，而且不关心她。
当真壁由纪诱导圣山环菜说出自己的过往时，问了一个看似毫无关系的问题：“你的初恋是什么时候？是谁？”
圣山环菜的回答甜蜜而平和，她说起12岁时，因为腿受伤，附近的一个便利店员工帮自己消毒包扎，她喜欢那个大男孩，认定那是自己的初恋。
可是真壁由纪费尽周折找到那个叫小泉裕二的店员时，裕二的话让她震惊了，为圣山环菜包扎是真的，环菜无处可去时，常去他那儿也是真的，可环菜没说的是，那时的两人有肉体关系。
隔三差五卷缩在一个被窝里，大学生裕二把持不住自己，抚摸着小姑娘环菜，试探性地想做什么时，环菜居然微笑着说：“没关系，反正我早已习惯了。”
早已习惯了！一个12岁的小女孩习惯了什么？来自谁？
由纪震惊之余，找到了环菜父亲当年的画室学生，学生拿出了那时的素描作品，素描上赫然是两个一丝不挂的男人，中间坐着少女环菜。
事情一点点明了起来，母亲怀着环菜嫁给了画家，明知不是自己的孩子，画家仍然坚持让环菜出生了，理由无关爱：生母美丽，生出的孩子就一定美丽。
少女环菜甜美娇媚，画家父亲让她做模特，让学生临摹，只是旁边还有一丝不挂的成年男性模特，以及清一色几十个年轻男学生，被画时，旁边的裸体男性和对面几十双直勾勾的男性目光，让环菜不堪重负，极为厌恶，可当时的她寻求母亲帮助时，讨好父亲的母亲，冷冰冰的视而不见。
绝望的环菜找到了保护自己的方式：割破手腕，让它流血，就可以几天不用做模特。
得不到帮助和温暖的少女，当遇到便利店店员裕二时，他的援助让少女误以为初恋发生了，所以当他的手伸向自己的身体时，少女时的环菜没有意识到自己被侵犯了，成年后仍一厢情愿地认为这个男大学生是不堪过往中的一缕阳光，虽然后来被父亲发现强制带离，时隔多年，环菜仍用初恋这个美好的词，形容那段经历和那个人。
真壁由纪在寻找事件真相的同时，也对自己的心理进行了一次洗牌，每天噩梦中出现的生父那双眼睛，让她惊恐不安，因为她感觉到那不是父亲看女儿的目光，而是一个中年男人看少女时的欲望之眼。
所以当母亲亲口告诉她，父亲每每借出差之由在海外买春，对象还是小女孩时，她出现了厌恶的生理性反胃，联想到自己在父亲车里见到的少女色情照片，她的心理崩溃了。
故事到了这里，圣山环菜和真壁由纪的心理问题被摆到了桌面上，显而易见，两人的父亲是问题的罪魁祸首，如果说杀死少女们心中纯真美好的直接犯人是父亲，那母亲就是间接犯，就是帮凶。
真壁由纪偶然发现父亲车里的少女照片是个突发事件，如果她的母亲稍稍用点心，就可以遮掩过去，可她没有，她选择在女儿最重要的日子，成人式那天，直接告诉由纪，父亲在海外买春，没有铺垫，不加犹豫，简单粗暴，干脆利落，瞬间让父亲的形象在由纪心中轰然倒塌。
而圣山环菜的母亲更摧心，要说由纪的母亲是手起刀落来了个痛快，那环菜的母亲就是钝刀子割肉，拉长了痛苦的过程。
怀着另一个男人的孩子嫁给了画家，显然她有抬不起头的地方，所以她需要迁就和讨好丈夫，丈夫允许她把孩子生下来，她应该是感恩的吧。没想到的是，她给丈夫生了个女模特，女儿要和一丝不挂的男模特一起被临摹，要和一群不怀好意的年轻男人一起吃喝，又被那群男人盯着摸着，她真的如自己所言不知道吗，不，她知道。
女儿痛苦不堪而自残，寻求她的帮助时，无处可去被便利店裕二占便宜时，她不知道吗，不，她知道。
这些在她洗手时露出的伤痕累累的手臂，就可以猜想到，女儿的一切，她都清楚，而且为此痛苦，但是，她选择了视而不见，服从了丈夫的做法。
就连故事里的律师，也是因为母亲有心理阴影，用他自己的话说：母亲抛弃了自己，不知去哪儿了，和第5个丈夫。父亲早逝，母亲失踪，他被叔叔一家收留。
幸运的是，叔叔一家待他很好，可即便如此，他的心里也是有问题的。他和真壁由纪之间那段大学恋情，温暖而治愈，可他面对同样有心理问题的真壁由纪时，他不知所措，选择了回避，最后两人渐行渐远，真壁由纪成了他的嫂子。
影片用极端畸形的家庭关系，以及冷漠扭曲的社会生态，从一个很直接的角度，表现了男性的凝视，每个人很小的时候经历过的事情，产生的感情，会成为成长过程中不可分割的一部分，成为每个人心里连自己也无法理解的一部分。
尤其是女性，性别仿佛是原罪，从出生开始就已注定，有不少女性在童年或多或少会被欺负和侵犯，以及在成长过程中，因为性别差异而带来不正常对待。
如果在童年时期遭遇这种不幸，没有人引导或进行心理疏通，或者自己本身有强大的自愈能力，长大后极大可能会产生“凡事都是我错”的念头，并且下意识地讨好男性，女性在这种社会关系里，没有人保护，自己也没有保护自己的能力，寻求外界的依赖和保护似乎成了本能。
故事静静旳传达一种信念：有时候会感觉很无力，因为改变不了什么，但是什么都不做，就真的什么都改变不了。