这个飞行员驾驶着一架战机飞行在三万英尺的高空上，此前和他一起出击的战友因为战机故障不得不返航，而他则是死死地盯住雷达里的物体，他以为很快就能够看到神秘飞行物，可是目标却突然丢失，而他也撞击上了一个红色的发光体，朦胧之中他喊着自己还不能死，而且还看到了一个橙色的巨人。
01撞上红色发光体的飞行员
原来这个男人叫作真木瞬一，是二等空尉，不久前他已经决定好要退役，结果遇到了紧急出击的命令，所以才遭到了这场空难。飞机坠毁之后，山里的一户人家正在观看空难的新闻，突然女主人被吓得半死，原来是真木竟然没有死，挣扎着来到这里。
睡梦之中，男人看到一个红色的发光体在宇宙深处飞来，并且坠落到地球上，在坠落的过程中撞击上了一架战斗机，而飞行员就是他自己！真木猛地睁开眼睛，发现妻子和儿子已经在身边守护多时，他问妻子自己是怎么活下来的，但是妻子对此一无所知。
第二天医生对真木进行了全身检查，一番检查下来发现真木并没有什么异常，而且几乎没有受伤，十分地健康，医生感到十分吃惊，因为真木经历了这种程度的空难，全身上下竟然连一处骨折都没有。
出院之后，上级对真木进行了一次联合询问，真木如实回答，并且说到了红色发光体的，然而上级却对此不闻不问。离开之后真木对战友说出了自己的疑惑，然而这个时候的真木不知道，他在回答上级询问的时候有一个女人通过监视器了解到了一切，而真木在之后的生活也全部都被这个女人监视着，而且这个女人还在监视的同时说真木是怪物。
02异生兽始祖
另一方面，长官来到一处海岸，眼前是一艘残破的轮船，手下说里面的乘客已经全部遇难，现场惨不忍睹，如同被猛兽袭击一般。长官则是感叹他们的对手不是像猛兽那样容易对付。
战斗机坠毁之后，真木从部队退役，并且成为了一名小型飞机的驾驶员，工作如意。但是这一天真木却搭到了一个沉默寡言的女乘客，其实这个女人名为沙罗，她就是在暗中监视真木的人。真木飞行到一半的时候，军方的军用直升飞机突然出现，女人则是拿出枪来，要求真木跟着直升机走，而且还要求真木在国道上降落。
之后真木被带到了一处秘密基地，沙罗他们告诉真木，在一个月前就开始监视他了，真木很生气。但是沙罗告诉真木，类似的事件在三个月前就已经发生过了，原来在三个月前有一个蓝色发光体坠落在太平洋，军方派人出去调查却几乎全军覆没，只有有恸贵文活了下来，事情发生一周后，幸存的贵文竟然变成了怪物，而这个怪物就是异生兽始祖。
贵文在变异成为异生兽之后，他吸收了壁虎的能力，爬到监控的死角，引诱看守的士兵进入然后袭击士兵逃走。说到这里，真木头疼欲裂，突然看到了异生兽袭击士兵的画面。原来真木也受到了红色发光体的影响，六感变得异常强大，此时的沙罗和军方大佬已经将真木看成是怪物，尽管真木进行了否认，但是内心也不免害怕。
03伏击异生兽始祖
随后真木被带到一处地下密室被囚禁起来，真木十分抗拒，突然他感到了怪物靠近，而这一切都是沙罗的安排。原来沙罗早就知道异生兽会前来诛杀真木，所以故意以真木为诱饵引诱变成异生兽后的贵文过来，想要将贵文歼灭在这里。贵文果然上当，独自闯入了埋伏圈中，士兵随即开枪射击，一番齐射之后，异生兽应声而倒。可是异生兽并没有死，站起来后更加狰狞，并且还吸收了一堆的五线石龙子，而且还变得更为巨大，此时的异生兽始祖进化为强化形态，并且开始屠戮士兵，最后只有沙罗活了下来。
就在沙罗和异生兽始祖对峙的时候，真木以强大的力量脱困，看到沙罗有危险，真木不计前嫌让沙罗快走，自己则是吸引了异生兽的注意。异生兽这一次的目标就是真木，于是就开始攻击真木，并且还将真木击飞砸破凹墙体。然而真木不仅没有死，而且站起来之后全身散发蓝光，蓝关之中又被橙色的光纹布满全身，随后变大成为了奈克斯特奥特曼！
随后奈克斯特奥特曼和异生兽始祖搏斗，异生兽眼看打不过，一生气就将目标放在沙罗的身上，但是奈克斯特用身体挡下了攻击，至此沙罗开始对奈克斯特改观。可是因此奈克斯特被异生兽始祖用尾巴绑住了脖子，奈克斯特单身发光将尾巴切断，但是随后胸口的计时器开始闪烁。不过即便是在能量不足的情况下，奈克斯特还是打伤了异生兽始祖。随后始祖想要逃跑，奈克斯特虽然想要追赶，但是无奈能量不足，又是第一次变身，随后倒下变回了真木。
04最后的决战
沉睡中，真木又看到了那个巨人，这个时候的真木哪里知道，梦中的巨人竟然是诺亚奥特曼的退化形态。醒来之后，沙罗告诉真木，贵文的目标就是他，所以沙罗才会拿真木来当诱饵。而这个时候日本新西宿的地下，贵文袭击了工人，并且不断吸收各种动物来完成进化。真木于是同意帮助沙罗等人对付贵文，可是在前往的路上，真木感知到了儿子出事进了医院，于是就抢了一辆车前往医院，军方大佬下令狙杀。
在医院的门口，沙罗预知到真木的到来，这个时候真木的战友出现，并且用枪让沙罗同意真木进医院看儿子，沙罗只好同意。真木来到医院，发现儿子没有事，不过这个时候的他已经决定要一直守护在儿子的身边，可是真木的儿子却很懂事，让爸爸去工作，自己没事，为了不让贵文大肆残害民众，真木和沙罗一起出发。
沙罗在车上告诉真木，变成异生兽的贵文其实是她的恋人，本来他们已经打算结婚并且组建家庭了，所以当贵文逃走的时候沙罗一时心软没有开枪，导致了事情一发不可收拾，现在她要弥补过错，将贵文消灭。
两人一起来到阴暗的地下，这个时候真木感知到了贵文的存在，然而出乎所有人意料的是贵文竟然显得十分狼狈地走出来，要知道在此前他才吃掉了一群工人。原来贵文是在故意示弱，但是沙罗还是选择了开枪，只是因为情绪激动，开了五枪只命中了一枪，随后贵文的手变长将沙罗抓住，沙罗抓住机会开出了最后一枪。
愤怒的贵文随即变异，而且想要继续袭击沙罗，真木随即阻止，对峙之中两人都完成了变身。一番打斗之后，异生兽发现自己不是对手，随即使用音波逼出了大量的老鼠，并且还吸收了这一堆老鼠进化为进化形态，最后大到地下已经容纳不下，于是异生兽破土而出，开始到处破坏，人们惊慌逃亡。
而奈克斯特奥特曼为了救一对母女也完成了进化，从幼年形态进化为成年形态，然后又是一番恶战。在战斗中为了躲避始祖灭绝光弹，真木控制奈克斯特飞了起来，身为飞行员的真木感到非常激动，他竟然不依靠战斗机就能够在天空飞翔。可是异生兽又吸收了一大批的乌鸦进化为有翼形态，双方展开了空战。
可是奈克斯特奥特曼因为不愿意完全侵蚀真木，战斗中落于下风，关键时刻真木的战友带领战斗机群前来支援，奈克斯特则是抓住机会和三日月形的光刃切割了异生兽始祖的翅膀，随后从双手产生强烈的能量后组成十字形，将光能量以奔流形式放射而出的奈克斯特的最终究极光线将异生兽粉碎。
然而异生兽始祖虽然被真木消灭，可是始祖的细胞却没有完全消失，在《奈克瑟斯奥特曼》里，这些细胞不断进化，不断袭击人类，而人类则是成立了夜袭队来对抗，这是后话，暂且不提。