《金玉良缘》讲述的是明朝年间，因为二皇子要争夺皇位，一场夺嫡大战拉开帷幕。为了能保证民心所向的大皇子顺利登基，太后赐婚金府公子金元宝（霍建华）娶江阁老的女儿江晓萱（贡米），可江晓萱却为了追求爱情选择逃婚。古灵精怪的玉麒麟（唐嫣）为帮养母找回亲生儿子，想潜入金家，却没想到阴错阳差成了江晓萱的代嫁新娘，嫁入金府。故事由此展开……
初到金府，玉麒麟因为是个假冒的千金小姐而闹出了不少笑话。她误以为柳文昭想不开出手相救，这让柳文昭很感动。江晓萱只身寻找情郎却根本没有这么个人，还不幸被混混盯上，好在被顾长风所救才免被糟蹋。
玉麒麟看到元宝身上的月牙胎记确认了他的身份。在三天回门的时候，玉麒麟和金元宝遭到二皇子的暗杀，而柳文昭正是二皇子一系的。为了救元宝玉麒麟差点暴露身份，好在她蒙混过关，元宝虽然半信半疑却也没深究。
金元宝逃脱，二皇子震怒。柳文昭并不想杀掉表弟金元宝，只是希望能够破坏掉联姻就好，却被二皇子给否决了，坚持要杀掉元宝，同时也要破坏掉联姻。为了不让玉麒麟失望，金元宝跟着她往南京走，他没想到玉麒麟是想带自己去看望自己的生母。
顾长风一直照顾着江晓萱，当她得知自己的情郎领取他人时黯然神伤。玉麒麟为带金元宝见养母所幸在他知道不是去往南京时，把他绑住带走。两人在船上和刺客大打出手，元宝不小心掉下了水中，为了救金元宝玉麒麟拼死救他上岸，并且给金元宝做人工呼吸，两个人情愫暗生……。
经过一番苦难，两个人终于来到玉母的店中，可为了元宝的幸福，玉母却拒绝相认。柳文昭已经对玉麒麟的身份产生怀疑，于是旁敲侧击的询问玉麒麟，却没有收获。柳文昭和玉麒麟走得近，金元宝吃醋，幼稚的小孩举动不断却不知如何表达好感。
顾长风喜欢化名为雪儿的江晓萱，无处可去的江晓萱和玉麒麟在金府中相遇了。麒麟告诉江晓萱等自己事情办完，两个人的身份就互换回去，可江晓萱并不愿意。柳文昭怀疑雪儿和玉麒麟的身份，开始派人调查这件事情。二皇子威胁柳文昭如果再做不好就把柳倩倩给送进宫选秀。柳文昭为了证明自己的能力，告诉二皇子自己发现了江今两家联姻中存在问题。二皇子大喜过望，如果能够破坏掉两家的联姻，自己继位的事情就成功了一半。
金元宝对麒麟的感情越来越深，两个欢喜冤家之间发生了不少笑料。同时顾长风对江晓萱也是情深义重。江晓萱的丫环喜儿发现二皇子和柳文昭之间的关系被灭口，刘倩倩趁机诬陷麒麟，元宝无奈只能把麒麟抓进监狱。
元宝在喜儿身上发现她身上的戒指印记与柳文昭的戒指吻合，他明白玉麒麟是被陷害的，他去大牢里将玉麒麟接回家，玉麒麟很是开心并亲了他。柳文昭为脱罪把赵四害死，把一切都推到他身上。麒麟要离开被元宝阻拦，元宝被刺杀麒麟舍命相救。
玉麒麟的身份意外曝光，为了保护她元宝想要休妻却被金夫人阻拦。金元宝为了保护众人不准江晓萱和顾长风在一起，他要纳江晓萱为妾，玉麒麟一怒之下写了休书却被他撕碎，并将麒麟软禁。为保护麒麟元宝坚持休妻，门外的玉麒麟听到了十分难过。金元宝找到顾长风告诉对方关于玉麒麟和江晓萱身份对调的事。顾长风十分震惊，才反应过来。金元宝表示，自己喜欢的只有玉麒麟一个。
金夫人知道真相后震怒扣押了江晓萱和玉麒麟。不过为了元宝她还是替几个人隐瞒了这件事。金夫人知道麒麟调查元宝身世很慌张，稳婆被害麒麟怀疑是金夫人所为。玉母失踪，麒麟怀疑也是金夫人所为。加上麒麟不分敌友被柳文昭挑拨，她和元宝的感情陷入危机。
金夫人不想失去儿子对麒麟加以陷害，麒麟出府。玉母被救入住金府，她并不打算和元宝相认。阿贵陷害金夫人，元宝的身世曝光。他不相信自己的母亲会做伤天害理的事。麒麟因他的不作为很伤心。金夫人收到柳文昭的威胁上吊，这封信的落款是麒麟。这让元宝失去理智，用剑刀伤她。
柳倩倩劝柳文昭不要再伤害元宝，可柳文昭不听。她老找昏迷的金夫人把一切都说了出来。金夫人醒来，忏悔时被元宝听到，他很伤心，他觉得金夫人只是把自己当棋子。元宝离府落魄不堪，柳倩倩为保护他被柳文昭刺死。柳文昭一朝得势，威胁麒麟与自己成亲。麒麟为了保护大家答应了。
麒麟代嫁之事曝光，太后让三人归到原来的位置。麒麟只能为妾，要么就让玉麒麟饮下毒酒接受惩罚。麒麟饮下毒酒，金元宝悲痛欲绝，求太后赐死自己，太后大怒，把元宝和金夫人都关入了大牢打算择日问斩。
麒麟醒来，原来这一切都是太后的计谋。二皇子终于伏法认罪，玉麒麟等四人也被太后赐婚，有情人终成眷属。
