马皇后是淮西宿州人。母亲在生下她之后就过世了，父亲则因与人结仇而远走他乡，临走前，将年仅一岁的马氏托孤给朋友，从此音讯全无。马氏因出身卑微，又正值烽火连天的年代，所以寄养家中的养父母无暇顾及缠足之事，因此马氏的脚未曾缠足，历史上有人称他为“大脚马皇后”。
马氏嫁给朱元璋时，朱元璋还是一个没没无闻的小将领。马氏跟着他大江南北东奔西走，吃尽苦头，可谓是患难夫妻。朱元璋个性敏感易猜忌，而马氏则仁厚且善良，马氏常温柔的劝戒朱元璋，而夫妻两人的感情也一直维持的相当好。
刚攻下北京建立明朝时，成为明太祖的朱元璋曾唤马皇后一起来赏玩宫中的珍奇异宝，不料马皇后一点也不动心，冷冷的说：“元朝就是因为有这些珍奇异宝而亡国的啊。”又说：“皇上您已经拥有很多宝物了，还要这些做啥？”明太祖马上就知道马皇后所说的宝物是指：“贤士”。马皇后说：“您只要拥有此宝物就可得天下了，臣妾与您同出身于贫贱，今虽有幸贵为帝后，但我们要防范日久骄奢安逸啊。皇上，危亡都起源于细微小事，您不可不谨慎啊。”太祖一听，才收起赏玩宝物的心，专心于国事上。
还有一回，马皇后亲自品尝了大臣们平时吃的午餐，发现菜色欠佳，便向太祖建议说：“人主奉宜薄，而养贤宜厚，不然如何能留住贤德之士呢？”明太祖听罢恍然大悟，立即下令把大臣们的午餐做了改善。大臣们得知此事，对马皇后的体恤属下及礼贤之心更加感激、佩服。
由于马皇后的宅心仁厚，常劝告猜忌心重的明太祖勿乱开杀戒、要礼贤下士，因此使很多明朝开国贤士免于被杀、被关的危险。大学士宋濂就是一例。
明初朱元璋刚称帝时，宋濂担任江南儒学提举，为太子讲经。洪武二年，并奉诏主修《元史》。因为明初的典章制度许多都经宋濂之手拟定，又是太子的老师、辅佐明太祖十多年的老臣，因此太祖曾尊称他为“开国文臣之首”。但就在宋濂退隐三年之后，因胡惟庸党案而被牵连。虽已年过七十，但明太祖仍将他逮捕，押解到京。马皇后慷慨激昂的对太祖陈述说：“古人说‘一日为师，终身为父’，一般百姓家聘请的老师，都还以礼相待，不敢疏忽，而何况宋先生曾当过太子的老师啊，怎可如此无礼对待他呢？况且以他高龄隐居山中，又能图什么谋反之事呢？”见太祖仍执意要处决宋濂，隔天，马皇后便准备了一桌素食等太祖一起来享用。太祖见满桌素菜，很是纳闷。马皇后哭泣著说：“我这是为宋先生做送终之事啊。”太祖一听也心有戚戚焉，后来便赦免宋濂不死。
此外，马皇后也很注重勤俭持家。由于贫穷出身，所以马皇后自奉俭约、粗衣疏食，连已经破旧的衣服都舍不得丢弃，补缀之后重新穿着。虽然马皇后律己甚严，从不铺张浪费，但对他人却很宽怀大度，不曾吝啬。例如：后宫嫔妃及其子女们，在生活上都衣食丰厚无缺；即使连宫中婢女，也会收到马皇后送的衣饰、食品等。逢年过节，马皇后还会送些节日礼物给大家。所以宫中上上下下都感觉马皇后很亲切、很随和。
马皇后喜欢读历史书，尤其宋代许多贤后的故事，他都一一抄录下来，以做为借鉴参考。有人嫌弃说：“宋代那些皇后们都太仁厚了。”马皇后却说：“过于仁厚，不比刻薄的好吗？”于是就没有人敢再批评了。
明太祖虽不轻易接纳大臣们的建言，但对马皇后的劝谏，却是常常用心的“洗耳恭听”并认真改正。也难怪明太祖会感叹的说：“贤后真可与当年唐太宗的长孙皇后相媲美啊！”后来，马皇后染病，药石无效。临终前他嘱咐朱元璋要：“求贤纳谏”，又把后辈子孙叫到床前，对他们说：“生长富贵之中，当知蚕桑耕作之不易，当为天地惜物，且为生民惜福。”说完便与世长辞，享年五十一岁。
明太祖为了纪念马皇后，还特地命人将马皇后的平日教诲及临终遗言编集成册，广为传颂。
